La régulation PID est intégrée au logiciel. Les paramètres saisis dans les boîtes de dialogue permettent de jouer sur les 3 composantes : Proportionnelle, Intégrale et Dérivée. Plusieurs types de fonctionnement sont possibles : Normal, Tracking, Gel. Le mode multivoies de retour permet de basculer une régulation PID entre plusieurs paires mesure/consigne (override) de natures différentes (par exemple : position puis effort puis position).
Enfin, Marathon propose un paramétrage dit ‘avancé’ qui autorise des "assemblages" entre PID afin d’obtenir des régulateurs complexes, par exemple : cascade série... Résumé des principales fonctions :